Mario Schwarz wurde 1949 in Trun im Kanton Graubünden geboren. Sein Musikstudium absolvierte er an der Akademie für Schul- und Kirchenmusik Luzern (Dirigieren, Schulmusik, Orgel und Gesang). Er setzte seine Studien an der Hochschule für Musik und darstellende Kunst in Frankfurt a.M. bei Helmuth Rilling fort und belegte darüber hinaus Meisterkurse bei Rafael Kubelik, Gerhard Schmid-Gaden und Helmuth Rilling.
Bekannt geworden ist Mario Schwarz durch viele Uraufführungen. Dabei stehen für ihn Werke von Schweizer Komponisten im Vordergrund. Er war Leiter und Gründer von Chor und Orchester des Collegium Musicum Ostschweiz. Von 1995 bis 2017 gabt er Konzerte im Rahmen des Bodenseefestivals. Sein besonderes Augenmerk gilt der Entdeckung neuer und alter Raritäten. So hat er vergessene Oratorien „Der heilige Gallus“ und „Judith“ von Carl Greith oder Johannes Hus von Loewe zur Erstaufführung gebracht. Mario Schwarz spielte verschiedene Radio- (DRS, SWR 2, ORF und HR) und CD-Aufnahmen ein. 2004 dirigierte er die Uraufführung der Oper „Tredeschin“ von G.A. Derungs.
2004 erhielt Mario Schwarz den Anerkennungspreis des Kantons Graubünden und 2007 denjenigen des Kantons St. Gallen. Er ist Ehrendirigent des Collegium Musicum Ostschweiz und Ehrenmitglied der Paul Huber-Gesellschaft. 2009 konnte er das Violinkonzert von Heinrich von Herzogenberg zur Welturaufführung bringen. 2010 dirigierte er im Rahmen des 100-Jahr-Jubiläums zum 100. Todestag von Henry Dunant das szenische Musikwerk „Henry Dunant“ von Gion Antoni Derungs (Libretto Hans-Rudolf Merz). Dieses Werk dirigierte er auch in Sarajevo, in der Victoria Hall in Genf und in Moskau. 1993 gründete er die „Paul Huber-Gesellschaft und 2013 die „Fundaziun Gion Antoni Derungs“. Seit seiner Pensionierung setzt er sich insbesondere als Herausgeber für die Werke von Gion Antoni Derungs, Paul Huber und Heinrich von Herzogenberg ein.